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2013년 말 정부는 취득세 영구인하로 인해 어려워진 지방재정을 확대하기 위한 정책의 일환으로 지방소득세 과세제도 개편을 단행하였다. 부가가치세의 5%를 지방소비세로 전환하던 것을 11%로 확대했고, 지방소득세를 개편하였다. 지방소득세의 경우 직접적으로 세율을 인상하지는 않았지만, 그동안 개별 지방자치단체가 기업을 유치ㆍ지원하기 위해 독자적인 정책을 추진하더라도 그것이 지방자치단체의 재정수입 확대로는 이어지지 않는 구조적 문제를 해결하기 위하여 기존의 부가세 방식에서 독립세 방식으로 전환하게 된 것이다. 구체적으로, 2013년까지는 소득세액과 법인세액의 10%를 지방소득세로 과세한 반면 2014년부터는 소득세와 법인세의 과세표준을 지방소득세가 공유하면서 세율과 감면제도를 독자적으로 운영하는 방식으로 변경되었다. 아울러, 2014년부터는 지방자치단체에 지방소득세의 과세표준 경정을 허용, 독자적인 세무조사가 가능하게 되었다.
동일한 과세표준에 대하여 국세청과 지방자치단체가 각각 세무조사하고 과세표준을 결정ㆍ경정할 수 있게 됨에 따라 납세자에게는 중복 세무조사의 우려가 발생하였다. 행정안전부가 지방자치단체에 ‘세무조사를 자제하라’는 지침을 내려 보냈지만 납세자, 특히 기업으로서는 불확실성에 따른 과도한 심리적 압박감을 느낄 수밖에 없다. 이에 따라 대한상공회의소 등의 경제단체에서는 지방자치단체의 지방소득세 세무조사권 행사를 제한해줄 것을 정부에 요구하였고, 정부와 국회의원들이 2015년부터 지방소득세의 세무조사권을 국세청으로 일원화하려는 법안을 발의하였으나 지방자치단체의 반발에 막혀 몇 년째 무산되었다. 가장 최근에는 장재원 의원이 발의한 수정안이 국회에 계류 중인데 이 법안의 운명 또한 불확실해 보인다. 결과적으로는 2013년 말의 지방소득세 과세체계 개편으로 인해 지방자치단체의 과세자주권은 강화된 반면, 개편 취지와는 다르게 국가와 지방자치단체의 중복 세무조사가 제도상 허용됨에 따라 다음과 같은 납세자 부담과 행정비용이 급증하는 문제점이 발생하게 되었다.
현행 지방소득세 세무조사 제도의 가장 큰 문제점은 국세청과 지방자치단체에 의한 중복 세무조사의 부담이다. 다수의 사업장을 가진 기업의 경우 국세청에서 단독으로 세무조사를 진행하던 종전과 달리 현행 방식에서는 국세청과 함께 166개의 전국 기초지방자치단체에서 동시에 또는 연속해서 세무조사를 진행할 수도 있기 때문에 세무조사의 부담이 매우 커지고 이로 인해 경영활동이 크게 위축되는 문제점이 있다고 할 수 있다. 실제로 2016년 중소기업중앙회가 중소기업을 대상으로 실시한‘세제세정 이용 및 애로 실태조사’ 결과에 따르면 응답기업의 77.2%가 중복 세무조사가 부담된다고 답하였다. 게다가 2019년부터는 기업뿐만 아니라 560만 명에 이르는 개인사업자들도 중복 세무조사를 받을 수 있기 때문에 더 큰 부담을 가져올 수 있다. 예컨대, 전국적인 지점망을 가진 법인(금융기관, 통신사 등)의 경우 5년 단위의 정기 세무조사를 가정하더라도 매년 30개 이상의 사업장에서 지방자치단체의 세무조사를 받을 수 있는데, 개별 사업장의 사업활동 내용이 전체 본ㆍ지점과 연결된 점을 고려하면 전체 법인 단위에서는 상시적인 세무조사가 이루어지는 것과 같은 결과가 나타날 수 있고, 이로 인해 정상적인 경영활동이 사실상 불가능해질 수도 있다.
국제적인 측면에서도 현행 지방소득세 과세방식은 OECD 주요 국가들과도 차이가 있는 것으로 우리나라의 납세자에게 상대적으로 과중한 부담을 발생시킨다는 문제점이 있다. 즉, OECD 국가 중 우리나라와 같이 지방소득세가 국세와 과세표준을 공유하는 국가들(일본, 캐나다, 스웨덴, 노르웨이)은 납세자 부담 완화 및 조세행정 통일성 확보를 위해 대부분 중앙 정부에서 일괄적으로 세무조사를 실시하고 있다. 특히, 지방자치제도가 유사한 일본의 경우 국세와 과세표준을 공유하는 지방세목에 대해서는 중앙 정부에서 일괄 세무조사(결정ㆍ경정)하고 있다. 지방자치단체가 별도의 세무조사를 수행하지 않고 국세청의 법인세 과세표준 결정ㆍ경정에 따라 지방소득세를 수동적으로 결정ㆍ경정하기 때문에 기업의 납세협력비용이 우리나라에 비해 상대적으로 적은 것으로 평가할 수 있는 것이다. 중복 세무조사로 인한 과도한 납세자 부담은 대부분 지방의 중소기업과 영세한 개인사업자들에게 발생하여 지역경제에 부정적 영향을 미치기 때문에 주요 국가들의 경우에도 이러한 측면을 고려해서 대부분 세무조사를 국세청에서 일원화하고 있는 것을 고려할 때, 이러한 국제적 표준과의 부조화는 국가경제 전체에도 부정적 영향을 미칠 것이다.
또한 지방자치단체의 징세비용이 급증할 수 있다. 즉, 종전에는 국세청의 결정ㆍ경정 시 개별 지방자치단체의 별도 과세처분과 이로 인한 추가적인 징세비용이 발생하지 않으면서 지방소득세의 징수가 가능했지만, 현행 과세방식에서는 국세청의 결정ㆍ경정 내용에 따라 관련 지방자치단체가 개별적으로 지방소득세를 결정ㆍ경정해야 징수가 가능하기 때문에 이들 지방자치단체들이 부담하는 징세비용이 추가적으로 발생하는 문제점이 나타나게 되는 것이다.
지방자치단체가 진심으로 지역경제의 활성화를 바란다면, 당초의 지방소득세 과세체계 개편 취지에 부합하도록 과세표준의 결정ㆍ경정권과 함께 세무조사권을 국세청으로 일원화해야 할 것이다. 지방자치단체가 그 약화를 우려하는 과세자주권은 지방소득세의 세율과 세액공제ㆍ감면을 자율적으로 결정하고 필요한 경우 국세청에 과세표준의 결정ㆍ경정 요청권을 행사하는 방식으로 유지할 수 있을 것이다.
임동원(한국경제연구원 경제연구실 부연구위원 / dwlim@keri.org)